《殖民者的博物館》從一場中非的遠征考察出發，自閱讀一位研究非洲語言助理的信件，展開對於一具不該被觀看顱骨的追尋。本片帶領觀眾穿梭在漢堡大學的檔案和館藏中，在大學溫室和實驗室裡找尋殖民主義的蹤跡，同時揭露科學與殖民間錯綜複雜的糾葛。